Xây dựng bộ máy chính quyền để quản lý đất nước luôn là vấn đề quan tâm hàng đầu của mỗi quốc gia. Các triều đại phong kiến Việt Nam cũng không nằm ngoại lệ. Triều Nguyễn, ngay từ khi mới lên ngôi các vua Gia Long và Minh Mệnh đã cho thiết đặt một hệ thống chính quyền khá hoàn chỉnh từ trung ương đến địa phương để giúp nhà vua quản lý đất nước.

Bộ máy chính quyền địa phương dưới thời Gia Long gần như giữ nguyên theo cách tổ chức cũ của các chứa Nguyễn ở Đàng Trong và của triều Lê - Trịnh ở Đàng Ngoài. Cả nước được chia thành 27 dinh (doanh), trấn, trong đó, miền Trung và miền Nam chia thành các dinh, là đơn vị hành chính có từ thời các chúa Nguyễn, miền Bắc vẫn giữ nguyên các đơn vị hành chính dưới thời Lê - Trịnh là trấn. Đứng đầu mỗi dinh là Lưu thủ, có các chức Cai bạ và Ký lục giúp việc. Đứng đầu mỗi trấn là Trấn thủ có các chức Hiệp trấn và Tham hiệp giúp việc. Mỗi trấn, doanh gồm nhiều phủ, huyện, xã. Mỗi phủ có Tri phủ, mỗi huyện có Tri huyện, tại mỗi xã có Xã trưởng giữ việc cai trị.

Trong 27 dinh, trấn trong cả nước, triều đình trực tiếp quản lý 4 dinh là: Quảng Bình, Quảng Trị, Quảng Đức, Quảng Nam và 7 trấn là Thanh Hóa, Nghệ An, Quảng Ngãi, Bình Định, Bình Thuận, Phú Yên và Bình Khương. Từ Thanh Hóa trở ra bắc gọi là Bắc thành. Từ Bình Định trở vào nam gọi là Gia Định thành. Giúp việc cho các trấn này là một bộ máy khá cồng kềnh chẳng khác gì một triều đình thu nhỏ.

Như vậy, dưới thời Gia Long, Quảng Trị là một doanh thuộc đất Kinh kỳ chịu sự quản lý trực tiếp của triều đình trung ương.

Cách tổ chức bộ máy hành chính dưới thời Gia Long bộc lộ tính phân quyền trong quản lý, lỏng lẻo trong thiết chế, đơn giản trong tổ chức đòi hỏi phải có cải cách hành chính để thiết lập một bộ máy hành chính có tổ chức chặt chẻ hơn.

Minh Mạng lên ngôi (1820-1840) đã có những chính sách để củng cố nền thống nhất đất nước, nhằm tập trung quyền lực cao nhất cho triều đình trung ương mà trực tiếp là Hoàng đế. Một trong những chính sách quan trọng hàng đầu là Minh Mạng chủ trương cải cách hành chính quốc gia từ trung ương đến các địa phương. Ở Trung ương, Minh Mạng đã cải tổ, xây dựng các cơ quan của nhà nước theo hình thức mới như Văn thư phòng chuyển thành Nội Các, xây dựng Viện Cơ Mật, hoàn thiện bộ máy Lục Bộ (Lại, Hộ, Lễ, Binh, Hình, Công), Lục Tự ( Đại Lý, Thái Thường, Quang Lộc, Thượng Bảo, Thái Bảo, Hồng Lô) và các cơ quan giúp việc quản lý, điều hành trên toàn quốc.

Đối với địa phương, Minh Mạng tiến hành cải cách bộ máy hành chính nhằm thực hiện một chế độ trung ương tập quyền triệt để, không phân cấp quản lý cho các Thành như dưới thời Gia Long.

Năm 1827 (Minh Mạng thứ 8) nhà vua cho xóa hết các phiên hiệu hành chính dinh hay đạo, thay vào đó, đơn vị hành chính địa phương trực thuộc triều đình gọi là trấn, bỏ hai chữ "trực lệ". Đổi Lưu thủ làm Trấn thủ, Cai bạ, Ký lục làm Hiệp Trấn, Hiệp lý làm Tham biện, tri châu làm Tri huyện ^([1]). Trừ phủ Thừa Thiên, cả nước lúc đó có 26 trấn. Bắc thành gồm 11 trấn, Gia Định thành gồm 5 trấn, miền Trung 10 trấn và phủ Thừa Thiên phủ đặt dưới sự quản lý trực tiếp của triều đình. Năm 1831, 1832 vua Minh Mạng tiến hành một cuộc cải cách hành chính, xắp sếp lại chính quyền địa phương, xóa bỏ hai đặc khu Bắc thành và Gia Định thành, chia đất nước ra làm 30 tỉnh và một phủ kinh kỳ. Như vây, khi vua Minh Mạng tiến hành chia đặt lại các tỉnh thì Quảng Trị gồm 2 phủ Triệu Phong và Cam Lộ; 3 huyện Hải Lăng, Đăng Xương, Minh Linh; 10 Châu là Hướng Hóa, Mường Vanh, Nà Bôn, Thượng Kế, Tá Bang, Xương Thịnh, Tầm Bồn, Ba Lan, Mường Bổng, Làng Thìn ^([2]).

Bộ máy quan lại cai quản hệ thống hành chính ở địa phương được Minh Mạng đặt thêm một cấp trung gian làm đầu mối giữa tỉnh và triều đình là cấp Tổng đốc. Thường là 2 hay 3 tỉnh đặt dưới quyền một Tổng đốc, trường hợp tỉnh lớn thì Tổng đốc trực tiếp cai quản thay luôn chức đứng đầu hàng tỉnh là Tuần phủ. Tổng đốc vừa là quan cao nhất tại địa phương, lại vừa có tư cách như một thành viên của chính quyền trung ương được đặc phái về cai trị tại địa phương. Viên quan Tổng đốc có trách nhiệm chuyên hạt (chuyên chủ công việc trong hạt mình hiện đóng) một tỉnh và kiêm hạt (kiêm lý công việc một hạt ngoài hạt mình thống trị) một tỉnh khác. Trong cả nước, trừ Thanh Hóa là đất "thang mộc" của nhà Nguyễn được đặt riêng một viên Tổng đốc còn chia ra 14 liên tỉnh: Bình - Trị (Quảng Bình - Quảng Trị); An - Tĩnh: (Nghệ An - Hà Tĩnh); Hà - Ninh (Hà Nội - Ninh Bình), Nam - Ngãi: Quảng nam - Quảng Ngãi, Thuận - Khánh: Bình Thuân - Khánh Hòa... ^([3])

Từ sau cuộc cải cách hành chính dưới thời Minh Mạng, bộ máy chính quyền ở tỉnh Quảng Trị được phân định như sau:

- Cấp tỉnh: Là cấp hành chính cao nhất ở địa phương, quản lý một vùng địa lý, dân cư. Đứng đầu tỉnh đặt chức quan Tổng đốc giữ việc cai trị quân và dân, trông coi cả quan văn lẫn quan võ, khảo hạch các quan lại. Tổng đốc chuyên hạt Quảng Bình kiêm hạt Quảng Trị (liên tỉnh Bình - Trị), trong quan hàm được ghi là: “ Binh bộ Thượng thư kiêm Đô sát viện Hữu đô ngự sử, Tổng đốc Quảng Bình, Quảng Trị đẳng xứ địa phương, đề đốc quân vụ, kiêm lý lương thướn g lĩnh Quảng Bình Tuần phủ sự” ^([4]). Tổng đốc ở tỉnh nào kiêm luôn Tuần Phủ tỉnh đó. Liên tỉnh Bình- Trị, Tổng Đốc đóng tại Quảng Bình như vậy Quảng Bình không có Tuần Phủ mà chỉ Quảng Trị có Tuần Phủ mà thôi. Quan hàm của Tuần Phủ Quảng Trị được ghi là “ Binh bộ Tham tri hoặc Thị Lang kiêm Đô sát viện Hữu phó Đô Ngự sử, Tuần Phủ Quảng Trị đẳng xứ địa phương, Đề đốc quân vụ kiêm lý lương thướng, lĩnh Bố chính sứ" ^([5]).

Giúp việc cho chính quyền hàng tỉnh có hai cơ quan là Bố chính sứ ty (Phiên ty) coi việc thuế má, tiền của, đinh điền, tuyên đạt các chức việc của triều đình và chính quyền cho dân chúng biết. Quan hàm được ghi là "Quảng Trị đẳng xứ địa phương, Thừa tuyên Bố chính sứ ty Bố chính sứ" ^([6]). Bố chính sứ trật Chánh tam phẩm. Án sát sứ ty (Niết ty) giữ việc hình phạt trong tỉnh, phát dương kỷ cương, phong tục, xem xét việc quan lại trị dân. Quan hàm được ghi là "Quảng Trị đẳng xứ địa phương Đề hình Án sát sứ ty Án sát sứ" ^([7]). Án sát sứ trật Tòng tam phẩm. Viên quan trông coi về quân sự gọi là Lãnh binh chuyên cai quản việc binh lính theo lệnh Tổng đốc. Lãnh binh trật tam, tứ phẩm. Mỗi cơ quan đều có các viên thơ lại gọi là Thông phán và Kinh lịch phụ tá.

- Cấp phủ: là cấp trung gian giữa tỉnh và huyện, phủ có thể quản lý một hoặc một số huyện. Năm 1832, vua Minh Mạng xuống chỉ ban bố nghị chuẩn chia phủ, huyện được chia thành 4 loại: Tối yếu khuyết (địa điểm rất quan trọng, xung yếu có nhiều công việc nặng nề); Yếu khuyết (địa điểm khá trọng yếu, công việc khá nặng); Trung khuyết (địa điểm trọng yếu vừa, công việc cũng vừa, không quá nặng, không quá nhẹ) và Giản khuyết (địa điểm không quan trọng mấy, công việc có ít và giản đơn) để cho đặt một viên Tri phủ ^([8]). Như thế ở Quảng Trị có hai phủ là Triệu Phong và Cam Lộ thuộc vào dạng phủ Trung khuyết hoặc Giản khuyết nên mỗi phủ đặt một chức Tri phủ. Tri phủ Triệu Phong kiêm lý huyện Minh Linh thống hạt huyện Hải Lăng và huyện Đăng Xương ^([9]); Phủ Cam Lộ thời Gia Long là đạo Cam Lộ do một quản đạo, một hiệp thủ, cai hợp, thủ hợp và 12 lệnh sử quản lý đạo Mường Vang, châu sa Bôi, 2 mường Na Bôn, Thượng Kế, châu Tĩnh Yên, 3 mường Tá Bang, Xương Thịnh và Tầm Bồn, 8 sách Ba Lan, Mường Bổng, Làng Thìn, Làng Tổng, Làng Liên, Làng Tán, Lá Mít, A Di, 4 nguồn Viên Kiệu, Tầm Linh, Ô Giang, Cổ Lâm, 6 tộc Làng Hạ, Tầm La, Làng Khống, Kỳ Tháp, Hương Bạn, Làng Lục. Năm Minh Mạng thứ 3 (1822) lấy 4 sách Viên Kiệu, Tầm Linh, Làng Tổng và Làng Liên đặt làm châu Hướng Hóa, có một tri châu, dùng lưu quan (chức quan do triều đình bổ đến) sung bổ và lệ vào đạo Cam Lộ. Năm Minh Mạng thứ 8 (1827) lấy đạo Mường Vang, các châu Na Bôn, Thượng Kế, Tá Bang, Xương Thịnh, Tầm Bồn, Ba Lan, Mường Bổng và sách Làng Thìn đổi làm 9 châu, còn 4 nguồn, 5 sách và 6 tộc đổi làm 15 tổng đều thuộc châu Hướng Hóa, các đầu mục tổng trưởng đều đặt chức cai tổng. Sản vật cống và thuế do đạo Cam Lộ thu nộp ^([10]).

Tri phủ mang hàm từ Chánh Tứ phẩm đến Tòng Ngũ phẩm ban văn. Ngoài ra có các thuộc viên gồm Lại mục, Bang tá làm Thừa phái để giúp việc.

- Cấp huyện: cũng giống như cấp phủ chia thành các loại Tối yếu khuyết, Yếu khuyết, Trung khuyết và Giản khuyết. Đứng đầu huyện có Tri huyện, tuỳ theo huyện ở vào hạng khuyết nào có thể mang hàm từ Chánh Ngũ phẩm đến Tòng Lục phẩm. Đối với những huyện lớn đông dân cư hoặc những nơi xung yếu quan trọng, ngoài Tri huyện những huyện kiêm lý có đặt thêm một Huyện thừa phụ trách ^([11]). Ở Quảng Trị các huyện đều có một Tri huyện, riêng huyện Minh Linh có thêm chức Huyện thừa; bộ máy giúp việc gồm có các Cai hợp, Thủ hợp, Lại mục.

- Cấp Tổng: là đơn vị trung gian giữa huyện và xã. Tổng có thể quản lý vài làng hay xã, mỗi tổng đặt một Cai tổng (hay Chánh tổng) phụ trách, ngoài ra có một hoặc hai Phó tổng đều do Hội đồng kỳ dịch của các làng cử ra để quản lý thuế khoá, đê điều và trị an trong tổng.

- Cấp Xã (thôn): là đơn vị hành chính nhỏ nhất, đặt chức Xã trưởng hay Lý trưởng đứng đầu, một số xã có thể có thôn bên trong do một Thôn trưởng phụ trách. Tuỳ nơi có thể đặt thành ấp, giáp hay trại, đứng đầu có Ấp trưởng, Giáp trưởng hoặc Cai trại để trông nom công việc trong địa hạt mình quản lý.

Theo quy định, quan chức đứng đầu tỉnh đều do chính quyền trung ương trực tiếp bổ nhiệm. Quan chức của triều đình chỉ phân bổ tới cấp huyện, từ Tổng trở xuống do người dân tự bầu chọn cử ra người đứng đầu, thông thường các cấp tổng, xã ba năm bầu chọn một lần. Đối với các vùng thuộc miền núi, về cơ bản các cấp hành chính cũng giống như miền xuôi. Ngoài việc dùng người địa phương đặt làm thổ quan, thổ binh còn có lưu quan do triều đình phái đến giám sát và cho áp dụng chế độ “ki my” (ràng buộc một cách lỏng lẽo) để quản lý.

Có thể nói những năm đầu của triều Nguyễn, mặc dù vua Gia Long đã cố gắng thiết lập một hệ thống chính quyền khá hoàn bị để quản lý đất nước. Tuy nhiên, cơ cấu tổ chức vẫn còn tương đối đơn giản và lỏng lẻo, tính chất phân quyền trong việc quản lý nhà nước khá rõ. Đến thời Minh Mệnh, hệ thống chính quyền từ trung ương đến địa phương ngày càng được củng cố chặt chẽ và hoàn thiện hơn, đặc biệt là sau cuộc cải cách năm 1831-1832. Hệ thống chính quyền trung ương ngày càng có mối liên kết chặt chẽ và tăng cường sự quản lý, giám sát đối với địa phương. Sự phân công, phân nhiệm giữa các cấp, giữa các bộ phận được quy định chặt chẽ gắn liền với các chức danh, trách nhiệm, quyền hạn, phẩm trật đi đôi với lương bổng, đãi ngộ... Trong thực tế, điều đó đã có tác dụng củng cố chế độ trung ương tập quyền, thúc đẩy bộ máy chính quyền các cấp hoạt động có hiệu quả. Tuy nhiên, bộ máy nhà nước thời Nguyễn là một nhà nước quân chủ tập trung, quan liêu chuyên chế nặng nề. Một nhà nước quân chủ chuyên chế như vậy lại ở trước ngưỡng cửa cuộc cách mạng công nghiệp và trong tình hình chủ nghĩa tư bản phương Tây đang chuẩn bị ráo riết xâm lược Việt Nam, thì không còn phù hợp với xu thế của thời đại, yêu cầu của lịch sử nước ta lúc bấy giờ hậu quả tất yếu là nhà nước mất lòng dân, không củng cố được khôi đoàn kết dân tộc, trở nên bảo thủ, trì trệ, kìm hãm sự phát triển của xã hội, tách rời với thế giới bên ngoài. Đây là một trong những hạn chế và cũng là nguyên nhân dẫn đến việc để mất nước của nhà Nguyễn sau này.